המארג מפעיל תוכנית ניטור ארוכת טווח העוקבת אחר השפעת לחצי הפיתוח האנושי ושינוי האקלים על המערכות האקולוגיות באמצעות ניטור של המגוון הביולוגי היבשתי. ממצאי הניטור בעשור הראשון לתוכנית זיהו השפעות מובהקות של פעילות האדם על מגוון בעלי החיים והצומח. בעשורים הבאים תמשיך תוכנית הניטור לשמש כלי משמעותי לזיהוי פגיעה אפשרית במגוון הביולוגי ובסיס לקבלת החלטות תכנוניות וניהוליות מבוססות מדע וידע.

• יחידות הדגימה – היער המחטני הנטוע, ספר המדבר, מישורי הלס בצפון הנגב, חולות מערב הנגב, החורש הים תיכוני, בתות בני-שיח ובתות עשבוניות, הר הנגב, הדרום הצחיח.
• פרוטוקול הניטור בשטח – ספירת נקודה: במשך 10 דקות נרשמים מספר מיני העופות ומספר הפרטים מכל מין המזוהים בראייה ובשמיעה, ברדיוסים משתנים סביב הנקודה: 0 – 20 מטר, 20 – 100 מטר, 100 – 250 מטר ומעבר ל-250 מטר. הדגימה נעשית בעונת האביב בשעות הבוקר.

• יחידות הדגימה – היער המחטני הנטוע, ספר המדבר, מישורי הלס בצפון הנגב, חולות מישור החוף וחולות מערב הנגב.
• פרוטוקול הניטור בשטח – סריקה רגלית, תוך כדי הפיכת אבנים ומחסות אחרים במשך 20 דקות, בחלקות קבועות שגודלן 50X50 מטר (2,500 מ”ר). הסריקה נעשית בעונות אביב וקיץ, בשעות הבוקר עד הצהריים.

ביחידות חולות מישור החוף וחולות מערב הנגב הסריקה הרגלית נערכת לפנות ערב. לאחר מכן, יצירת שביל טשטוש שאורכו כ-70 מטר ורוחבו כ-40 ס”מ, והצבת 10 מלכודות נפילה בנפח של ליטר לאורך שביל הטשטוש. בדיקת עקבות ומלכודות הנפילה לאורך השביל מתבצעת בבוקר שלמחרת, ולאחריה סריקה רגלית נוספת בחלקה.

רישום וזיהוי של הזוחלים שנלכדו לרמת המין, ושחרורם במקום. רישום סימנים להימצאות זוחלים בחלקה, כגון עקבות, ביצים, הפרשות, נשלים ופרטים מתים.

• יחידות הדגימה – היער המחטני הנטוע, ספר המדבר, חולות מערב הנגב, החורש הים תיכוני, בתות בני-שיח ובתות עשבוניות, הר הנגב, הדרום הצחיח.
• פרוטוקול הניטור בשטח – שימוש במצלמות שביל בעלות יכולת צילום ביום ובלילה המופעלות על ידי תנועה. בכל חלקת ניטור הוצבו תשע מצלמות לאורך חתך של כ-850 מטר ובמרווחים של כ- 75– 80 מטר אחת מהשנייה למשך עשר יממות. רישום הנתונים: סביבת הדגימה ועיתוי הדגימה, גובה המצלמה מהקרקע, מרחק גילוי ואזימוט כיוון הצילום. הדגימה נעשית במהלך חודשי הקיץ והסתיו.

• יחידות הדגימה – חולות מישור החוף, חולות מערב הנגב.
• פרוטוקול הניטור בשטח – 48 מלכודות נפילה (קופסת פלסטיק בנפח 1 ליטר הנקברת בקרקע כששפת הקופסה בגובה פני הקרקע) הוצבו בכל חלקת ניטור למשך יומיים. מחצית מהמלכודות מוקמה מתחת לשיח, והמחצית השנייה מוקמה הרחק משיחים, בשטח פתוח. כל פרוקי הרגליים שנופלים למלכודות נאספים למעבדה, וככל האפשר משוחררים חזרה לשטח.